국가보안법은 1948년 여수·순천 사건 이후 국헌을 위배하여 정부를 참칭하거나 국가를 변란할 목적으로 단체를 구성하는 등 국가안보를 위태롭게 하는 각종의 행위를 처벌할 목적으로 12월 1일에 법률 10호로 제정하여 당일 시행하였다.
1차 개정
1949년 12월 19일에 건국사업을 적극 방해하고 있는 좌익공산분자들을 박멸하기 위하여 구 일본 제국의 치안유지법을 모방하여 대규모 법 개정을 실시하였다. 국가를 파괴하고 전복하려는 대음모죄에 대하여 사형 또는 무기형을 과할 수 있도록 하는 조항이 주된 개정 내용이었으며, 국가보안법의 개정 사례에서 법의 실효를 거둘 수 있도록 할 목적으로 개정된 최초의 사례였다. 1950년 1월 9일에 시행했다.
2차 개정
1950년 4월 21일에 형사절차 규정 중에서 단기 4년이하의 사건은 1인의 판사가 심판할 수 있게, 구류갱신은 각 심급마다 2회 초과할 수 없게, 보도구금과 형의 집행이 경합되는 경우, 2년을 초과하는 자유형의 선고를 받은 자에 대하여는 그 형만을 집행하고 2년이하의 자유형의 선고를 받은 자에 대하여는 보도구금의 집행을 먼저 하고 그 집행을 종료한 때에는 형의 집행을 면제하게 할 목적으로 개정하여 1950년 5월 12일에 시행하였다
1953년, 대한민국 최초의 형법 제정에 참여했던 초대 대법원장 김병로는 형법 개정 이후 국회에 나와 "국가보안법 주요 내용 대부분이 새 형법에 담겼으므로 국가보안법은 폐지해도 된다"며 권고했으나 의원 중 한 사람의 "지금은 전시이니 유명무실한 대로 그냥 두는 것도 무방하지 않으냐"는 의견에 따라 유지된다.
3차 개정
1958년 12월 24일의 2.4파동으로 인하여 논란이 있은 끝에 1958년 12월 26일에 북의 전쟁에 의하지 아니한 침략을 의미하는 위장평화통일 공작을 주임무로 하는 간첩과 국가변란을 목적으로 하는 여러 가지 범죄를 충분히 단속할 수 있는 법조항이 결여되어 국헌문란행위와 같은 중대한 범죄를 방임하게 될 뿐만 아니라 인권옹호에도 중대한 지장을 초래할 우려가 있어 북의 흉계를 철저히 분쇄하거 인권옹호에도 만전을 기할 목적으로 개정하여 1959년 1월 16일에 시행하였다.
4차 개정
1960년 1월 10일에 선량한 국민의 자유와 권리를 침해할 우려가 있는 규정과 형법, 국방경비법, 해양경비법 등으로 처벌할 수 있는 규정을 삭제하고, 파괴활동을 일삼는 공산분자들만을 단속규정함으써 선량한 국민의 자유와 권리를 보장할 목적으로 개정하여 당일 시행하였다.
5차 개정
1962년 9월 24일에 미전향자에 의한 반국가적 범죄가 반복되고 있어 그러한 반복적인 범행에 대하여는 최고를 사형으로 하여 재범을 미연에 방지하고 국가의 안전을 보장할 목적으로 개정하여 1962년 10월 25일에 시행하였다.
6차 개정
1980년 12월 31일에 반공법과 그 성격이 유사하고 중복된 조문이 많아 반공법을 폐지하여 통합함으로써 국가의 안장을 침해하는 범죄의 처벌·예방에 일원화를 기할 목적으로 개정하여 당일 시행하였다.
7차 개정
1987년 12월 4일에 군법회의법 개정에 의하여 군법 적용 대상자에 대하여 군법회의를 군사법원으로 변경할 목적으로 개정하여 1988년 2월 25일에 시행하였다.
8차 개정
1990년 헌법재판소는 국가보안법이 "'자유민주적 기본질서에 위해를 줄 명백한 위험이 있을 경우에만 축소적용'하면 헌법에 위반되지 않는다"며 한정 합헌 판결을 했다.(헌법재판소 89헌가113)
1991년 5월 31일에 「국가보안법」을 해석·적용함에 있어서 국민의 기본적 인권을 최대한 보장하여야 한다'는 원칙을 성립하고, 금품수수죄, 잠입·탈출죄, 찬양·고무죄, 회합·통신죄 등의 구성요건에 대한민국헌법재판소의 한정합헌 결정취지를 반영하여 국가의 존립·안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 하는 행위와 불고지죄의 성립범위를 반국가단체 구성, 목적수행, 자진지원 등의 죄에 한하여 인정하여 처벌하도록 함으로써 입법목적과 규제대상을 구체화하고 남북교류협력에관한법률과의 적용한계를 명백히 하면서 처벌대상을 축소함으로써 기본적 인권을 최대한 보장하고 민족자존과 통일번영을 뉘한 대통령 특별선언에 따른 대북정책의 효율적인 추진을 적극 뒷받침할 목적으로 개정하여 당일 시행하였다
1992년 4월 14일 헌법재판소는 「국가보안법」위반 사범에 대한 "구속기간 연장이 지나치게 인권을 제약한다"고 하여 위헌결정을 하여 동 규정을 무효로 했다.(헌법재판소 90헌마82)
9차 개정
1994년 1월 5일에 군사법원법 개정으로 군사법원 관할관을 군 판사, 군사법원 검찰관을 군 검찰부 검찰관으로 반영할 목적으로 개정하여 1994년 7월 1일에 시행하였다.
10차 개정
1997년 7월 14일에 국가유공자 예우 등에 관한 법률 개정에 따라 벌칙 조항에서 '년(회)이상'을 '년(회) 이상'으로 변경할 목적으로 개정하여 1997년 1월 13일에 시행하였다.
1997년 12월 13일에 타법 개정으로 제17조 "노동쟁의조정법 제9조"를 "노동조합및노동관계조정법 제39조"로 반영할 목적으로 개정하여 1998년 1월 1일 시행하였다
2011년 9월 15일에 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한법률에 개정에 의하여 공상군경 또는 순직군경의 유족으로 보아 보상할 수 있다는 보상 범위에서 「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」에 따른 재해부상군경 또는 재해사망군경의 유족을 추가할 목적으로 개정하여 2012년 7월 1일 시행하였다.
13차 개정
2016년 1월 6일에 제25조에서 군 검찰부 검찰관을 군 검찰부 검사로 개정하여 2017년 7월 7일에 시행하였다.